Müze 1960 yılında akademisyen Prof. Dr. Turhan Baytop tarafından kurulmuştur. İlk başta Prof. Dr. Turhan Baytop’un kişisel koleksiyonu ile oluşturulan müze, daha sonra eczacıların ve hekimlerin bağışladığı eşyalarla zenginleşmiştir.
Müzede, Türkiye’de eczanelerin, eczacılık eğitiminin ve ilaç endüstrisinin tarihine ışık tutan kaynaklar birikmiş; eczacılık mesleği ile ilgili araştırmalara olanak sağlayacak bir arşiv oluşmuştur.
1999 depreminde binası hasar gören Eczacılık Müzesi, geçici olarak başka alanda koruma altına alınmış, binanın 2010 yılında tamamlanmasından sonra müze; binanın birinci katındaki yeni salonlarda yeniden oluşturulmuştur.
Eczacılık Müzesi, Selçuk Ecza Deposu sponsorluğunda yapılan yeni teşhir vitrinleri ile 6 Haziran 2012 tarihinde tekrar hizmete açılmıştır.
